في مؤسسة SCP، تُصنف الكيانات والظواهر الشاذة حسب مستوى صعوبة احتوائها والسيطرة عليها، وليس بناءً على مدى خطورتها. تُقسم التصنيفات الرئيسية إلى فئات أساسية (تُعرف بـ SEKTA)، وفئات ثانوية، وفئات خاصة (نادرة)، بالإضافة إلى نظام تصنيف المخاطر المتقدم. التصنيفات الأساسية (Primary Classes) آمن - Safe: كائنات يسهل احتواؤها بالكامل وبشكل موثوق. وضعها في صندوق لا يسبب مشاكل، بشرط ألا يتم العبث بها. أقليدس - Euclid: كيانات يصعب احتواؤها بشكل موثوق، وغالباً لأنها ذكية أو غير متوقعة. أغلب المخلوقات تقع ضمن هذا التصنيف. كيتر - Keter: كائنات خطيرة جداً، واحتواؤها يتطلب إجراءات معقدة ومكلفة للغاية. ثامييل - Thaumiel: فئة نادرة ومفيدة؛ هي كائنات تستخدمها المؤسسة لاحتواء أو تحييد كائنات SCP الأخرى. التصنيفات الثانوية (Secondary Classes) محايد - Neutralized: كائنات فقدت خصائصها الشاذة أو تم تدميرها. مشروح - Explained: ظواهر تم فهمها بالكامل من قبل العلم الحديث وتوقف اعتبارها شاذة. معلق - Pending: تصنيف مؤقت يُعطى للكيانات التي لا تزال قيد البحث ولم تُحدد فئتها النهائية بعد. !( التصنيفات الخاصة والنادرة (Esoteric Classes) أبوليون - Apollyon: تهديد وجودي كارثي؛ كائنات غير قابلة للاحتواء إطلاقاً، وتطرح تساؤلاً حول "متى" ستدمر العالم وليس "هل" ستفهمه. أرخون - Archon: كائنات يمكن احتواؤها من الناحية النظرية، ولكن المؤسسة تختار عدم القيام بذلك لأن إزالتها ستسبب دماراً أكبر. تيكونديوجا - Ticonderoga: كائنات يصعب احتواؤها، لكن المؤسسة تتركها حرة لأنها لا تشكل تهديداً ولا تكسر القواعد الطبيعية بشكل ضار. هيمال - Hiemal: كيانات تتكون من "زوج" من الكائنات الشاذة التي تلغي تأثير كل منهما الآخر، مما يبقيها تحت السيطرة)